该规划提出按照广州建设国际航运中心的战略要求，以空港和海港为龙头，铁路枢纽为重点，公路站场为补充，建成布局合理、层次清晰、功能完善、衔接顺畅的世界交通枢纽， 形成以中心城区为核心，机场、港口、铁路等要素为重点，构建功能强大、层次分明、高度融合的综合交通枢纽体系。规划布置了全市80个客运枢纽站点，包括规划莲花山水运客运 港、珠江客运港水上巴士枢纽，50个货运枢纽站点，包括南沙港区、黄埔国际物流园区、新沙港区等以沿海运输和近洋运输为主的货运港口枢纽。

规划同时提出建设广州南沙游轮母港枢纽，珠三角邮轮母港和水上休闲中心，集邮轮、客运港、游艇、地铁、公交等设施为一体，主要提供商业商务、旅游休闲等高端水上客运服务及其他办公、商业等综合开发类服务，枢纽及周边配套设施用地面积59.4公顷。其中，邮轮母港4.8公顷，南沙客运港5.7公顷，配套交通设施用地2.3公顷。综合交通枢纽规划布局全市重要滨水交通枢纽站点，为碧道路线选择和沿岸资源串联提供了基础。